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Les bactéries, ces éléments de l’infiniment petit, prouvent leur capacité à évoluer et muter pour prendre en défaut notre capacité d’innovation dans la recherche de nouveaux traitements. Du coup des solutions émergent pour tenter de trouver de nouvelles solutions : de l’innovation collaborative à l’acceptation de notre incapacité à trouver de nouveaux antibiotiques.

Il y a quelques semaines Tendances.info consacrait un article aux virus. Mais les bactéries posent aussi problème à la médecine. Ces organismes vivants, parmi les premiers à être apparus sur Terre, sont responsables de nombreuses maladies infectieuses : tuberculose, fièvre typhoïde, peste, lèpre, choléra … L’introduction des antibiotiques, dont l’action tue ou bloque le développement des bactéries, entre les deux guerres mondiales, puis leur généralisation après 1945, a constitué une réelle innovation dans le traitement de ces maladies. La mortalité a reculé et ces maladies ont disparu des pays industrialisés, alors que leur incidence a diminué dans le reste du monde, même si elles n’ont pas complètement disparu. Mais comme tous les organismes vivants, les bactéries évoluent et s’adaptent suivant en cela les lois de la sélection naturelle de Darwin. 

Vie moderne et évolution des bactéries

Lorsqu’une bactérie donnée résiste à un traitement antibiotique, en raison d’une différence qu’elle porte par rapport aux autres bactéries de sa colonie, elle survit et se multiplie, répliquant cette différence qui lui a permis de survivre au traitement. Si ce phénomène n’est pas nouveau, notre mode de vie favorise l’émergence de ces résistances aux antibiotiques. Le fait de ne pas respecter un traitement, dans sa durée ou au niveau du dosage, en est une. Le « tout antibiotique », combattu dans les années 90 à grands renforts de publicité, en est une autre. Mais le simple fait de jeter des résidus d’antibiotiques dans les eaux usées permet à ces médicaments de se répandre dans l’environnement et de se retrouver potentiellement dans la chaîne alimentaire. Ainsi répandus ils favorisent l’émergence de résistance bactérienne. Et l’un des autres facteurs qui explique la capacité des bactéries à résister aux cocktails de médicaments, fruits de l’innovation de laboratoires pharmaceutiques, tient à notre alimentation. L’usage d’antibiotiques, souvent de manière préventive, est largement pratiqué dans les élevages industriels. Lorsque l’animal, ou le poisson, se retrouve dans notre assiette, il contient souvent des molécules d’antibiotiques, en quantité insuffisante pour éliminer des bactéries dans notre organisme, mais suffisante pour les aider à évoluer et à résister.

Plus d’innovation pour contrecarrer la résistance bactérienne

Alors évidemment il faudrait développer de nouveaux médicaments. Mais le problème n’est pas simple. Un médicament n’est rien d’autre qu’un molécule qui a la capacité à se fixer sur un récepteur d’une cellule pour soit induire un signal, soit empêcher qu’une autre cellule vienne s’y lier. Et dans le domaine des antibiotiques, les principaux récepteurs des bactéries ont été explorés. Cela ne signifie pas qu’il n’y a plus de solutions, mais elles sont certainement plus compliquées à trouver. Et les industriels se font tirer l’oreille pour investir dans ces programmes. On considère en général qu’il faut étudier près de 10000 molécules pour isoler un médicament, ce qui représente un coût proche du milliard d’euros (en intégrant le coût des projets avortés). Et si l’innovation a un prix, dans le cas des antibiotiques, les autorités publiques cherchent à limiter la diffusion d’éventuels nouveaux traitements afin de limiter l’apparition de résistance à ces nouveaux médicaments, et dans le même temps à garder des prix assez bas. Les industriels se plaignent de cette situation où on leur demande d’innover, mais en limitant leur possibilité de rentabiliser leurs investissements. En conséquence, les grands laboratoires ont quasiment délaissé la recherche dans l’antibiothérapie, préférant concentrer leurs dépenses en matière d’innovation sur l’oncologie, la diabétologie, ou les maladies neurodégénératives. Du coup ce sont souvent des start-ups qui portent des projets innovants dans le domaine. On peut citer Durata Therapeutics, ou la société française FAB Pharma qui travaille à des traitements du staphylocoque doré résistant à la méthicilline.
Face à ce manque de mobilisation des géants de la pharmacie certains espèrent que la mise en réseau d’initiatives regroupant des chercheurs et des particuliers pourra faire naître des solutions. C’est l’objectif du projet ILIAD lancé par un jeune biologiste, chercheur au sein de la NASA, Josiah Zayner. Pour moins de 50 euros, il propose aux personnes souhaitant participer à son projet de se procurer un kit permettant de tester les propriétés antibiotiques de plantes. Les résultats sont consolidés et partagés sur le site Synbiota. Cette initiative d’innovation collaborative peut sembler anecdotique pour l’instant, mais qui sait, si le réseau de participants grandit suffisamment il est toujours possible que soient découvertes des propriétés anti-bactériennes à des plantes qui n’avaient pas été testées. Et alors le programme pourrait intéresser des sociétés pharmaceutiques, qui exploreront plus en détail les principes actifs ainsi identifiés.

A défaut d’innovation, la résignation

Une autre piste est de considérer l’antibiothérapie comme une solution qui n’est plus disponible, sauf cas extrêmes, et de combattre les bactéries autrement. C’est ce qui était suggéré dans le hors-série de l’édition anglaise de Wired, « The World in 2014 ». Dans un article intitulé « la santé sans les antibiotiques », Franck Swain, un journaliste scientifique qui anime notamment les sites Futures Exchange et Science Punk, défend cette idée. Selon lui, l’usage d’antibiotiques favorise ce qu’il qualifie de super-bactéries, qui ont développé des résistances, au détriment de bactéries moins fortes, voire inoffensives car ne déclenchant pas de maladies. En évitant les antibiotiques on efface cet avantage et on rend possible l’élimination des bactéries résistantes par les autres. Une autre idée est d’utiliser des bactéries « amicales » pour concurrencer les bactéries pouvant induire des maladies. En effet, l’effet pathogène ne se déclenche qu’au dessus d’une certaine densité de la colonie de bactéries. En encourageant le développement de bactéries inoffensives, on bloque le développement des bactéries pathogènes et on évite que la maladie ne se déclenche. D’autres pistes sont explorées comme l’utilisation de virus pour éliminer les bactéries ou le renforcement du système immunitaire en y introduisant des versions synthétiques de ses cellules. Mais gérer les bactéries dans l’organisme n’est pas le seul terrain de bataille. L’hôpital est également un lieu de prolifération de super-bactéries, à l’origine des infections nosocomiales contractées en son sein, et responsable selon certains chiffres de près de 9000 décès par an en France. Pas de grande innovation mais simplement une conception de l’hôpital repensée pour laisser passer plus de lumière du soleil, mieux contrôler les flux d’air, intégrer des matériaux bactéricides, et prévoir des zones de confinement pour les patients souffrant d’infections sérieuses. Dans cette vision pessimiste qui table sur une incapacité à innover pour contrer la multiplication des cas de résistance bactérienne, l’innovation vient de la manière de gérer les infections.
Si la résistance bactérienne a toujours existé, car elle est liée au mécanisme d’évolution de ces micro-organismes que sont les bactéries, les cas se multiplient en raison de notre mode de vie. Et dans ce contexte ce qui était devenu notre mode de réponse à la menace bactérienne, l’antibiothérapie, se trouve prise en défaut, faute d’innovation. Du coup, plutôt de de chercher dans les traitements, il faut peut être innover dans la manière de « gérer » les bactéries.

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